Dưới sự tài trợ của tập đoàn T&T, câu lạc bộ ra mắt vào ngày 18 tháng 6 năm 2006. Hai mùa bóng đầu tiên trong lịch sử tồn tại của mình, từ một đội bóng gồm đa số các cầu thủ trẻ do huấn luyện viên Triệu Quang Hà (cựu cầu thủ đội tuyển bóng đá Việt Nam và câu lạc bộ Thể Công) dẫn dắt, đội đã liên tiếp thăng hai hạng, từ hạng ba lên hạng nhất, để giành quyền thi đấu ở giải hạng nhất 2008.
Kết thúc mùa giải Hạng Nhất 2008 CLB T&T.HN đứng ở vị trí thứ 2 và giành quyền lên chơi ở Vleague 2009. Giải hạng Ba 2006 Ngay mùa bóng đầu tiên ra mắt, câu lạc bộ đã giành quyền lên hạng Nhì năm sau sau khi vượt qua Phú Yên 1-1 (4-3 sút luân lưu) ở trận tranh vé lên hạng Nhì của giải. (không có chung kết, T&T Hà Nội cùng Quân khu 9 đồng hạng nhất). Giải hạng Nhì 2007 Giải bóng đá hạng Nhì Việt Nam 2007 gồm 16 đội, chia làm 3 bảng đấu theo khu vực. T&T Hà Nội với tư cách là đội duy nhất từ hạng Ba mới lên, chung bảng A với 4 đội khác. Tại vòng bảng, sau khi khá vất vả vượt qua Quang Minh DEC, câu lạc bộ chiếm được vị trí nhất bảng, lọt vào bán kết. Ở bán kết, T&T Hà Nội vượt qua Ngói Đồng Tâm Long An (đội bóng dự bị của Đồng Tâm Long An) 3-1, vào chung kết giải hạng Nhì với Quân khu 7. Ở trận chung kết câu lạc bộ thua Quân khu 7 trên chấm phạt đền (1-1, 2-4 sút luân lưu), tuy nhiên vẫn lên hạng Nhất năm 2008 với tư cách là 1 trong 2 đội xếp hạng cao nhất giải hạng Nhì.
Giải hạng Nhất 2008 Bước vào giải hạng Nhất năm 2008, câu lạc bộ được sự đầu tư lớn (hơn 10 tỉ đồng) với mục tiêu thăng hạng ngay trong mùa bóng này (lên hạng chuyên nghiệp mùa bóng 2009. Có được sự đầu tư, đội bóng đã tuyển mộ những tuyển thủ như: thủ môn đội tuyển quốc gia Dương Hồng Sơn, các cựu cầu thủ đội tuyển quốc gia Phạm Như Thuần, Văn Sĩ Sơn, cầu thủ đội tuyển U-23 quốc gia Nguyễn Thành Long Giang (cầu thủ 2 năm liền được bầu là Cầu thủ trẻ xuất sắc nhất của giải thưởng Quả bóng vàng Việt Nam), cùng một số cầu thủ nước ngoài như các cầu thủ Brasil Cristiano, Casiano...CLB khởi đầu giải hạng Nhất khá tốt, tuy chưa lần nào lên ngôi đầu bảng nhưng thường xuyên nằm trong nhóm 3 đội dẫn đầu. Nhưng do các cầu thủ còn non kinh nghiệm nên đã bỏ lỡ những trận thắng đáng tiếc (hai trận hoà ở vòng 6 và 7).
Ngày 9 tháng 3 năm 2008, khi khám phá ra một nhóm thanh niên có hành vi sử dụng thuốc lắc tại khách sạn Mai Vinh ở Thành phố Hồ Chí Minh, công an địa phương đã phát hiện trong đó có 5 cầu thủ T&T Hà Nội. Họ cũng bị nghi ngờ đã sử dụng ma tuý. Ngay sau đó, dù chưa có kết luận chính thức của cơ quan điều tra, lãnh đạo câu lạc bộ đã có hình thức kỉ luật đối với ban huấn luyện (phạt tiền và khiển trách) và 5 cầu thủ này, trong đó Lê Hoàng Anh Thi, người mua thuốc lắc và rủ rê đồng đội, bị sa thải khỏi đội, 4 cầu thủ khác bị cắt lương, thưởng và treo giò hết tháng 3. Tuy vậy, do sức ép thành tích (ngay sau khi 5 cầu thủ dính líu vào ma tuý đội đã thua trên sân nhà) và đặc biệt là sức ép từ phía đội bóng, lãnh đạo đội đã cho 4 cầu thủ này tiếp tục thi đấu ngay trong tháng 3, chỉ bị treo giò 1 trận. Khi kết thúc lượt đi giải hạng Nhất mùa bóng 2007-2008, với phong độ ổn định và sự thiếu ổn định của các đối thủ, T&T Hà Nội đã chiếm ngôi đầu bảng.
Vào ngày 16/08/2008 T&T Hà Nội đã vượt qua Quân Khu 5 với tỷ số 4-2, đồng thời Cao Su Đồng Tháp (đối thủ trực tiếp của T&T Hà Nội) bị thua trước Than Quảng Ninh do vậy T&T Hà Nội chính thức lên hạng chuyên nghiệp V-League 2009 cùng với Quân Khu 4 sớm một vòng đấu.